Bên cạnh là doanh nhân, chính trị gia, J. B. Pritzker là một nhà thiện nguyện cùng cả gia tộc. Ông là Chủ tịch Pritzker Family Foundation, tài trợ cho việc nghiên cứu và các chương trình tập trung hỗ trợ trẻ em nghèo. Dưới sự lãnh đạo của nhà kinh tế học từng đoạt giải Nobel James Heckman, ông đã hỗ trợ thành lập Hiệp hội Pritzker Consortium on Early Childhood tại Đại học Chicago.[59] Cùng với Quỹ Bill & Melinda Gates, Quỹ trẻ thơ Buffett, Quỹ Irving Harris và Quỹ Gia đình George Kaiser, Quỹ Gia đình Pritzker đã ủng hộ sáng lập cho First Five Years Fund, một tổ chức tập trung sự quan tâm và nguồn lực trên toàn quốc vào chương trình chăm sóc và học tập sớm toàn diện, chất lượng cho trẻ em từ sơ sinh đến năm tuổi.[60] Vào năm 2013, ông hợp tác với Ngân hàng Goldman Sachs để tài trợ cho trái phiếu xã hội đầu tiên dành cho giáo dục mầm non.[61]

J.B. Pritzker cũng là Chủ tịch Bảo tàng và Trung tâm Giáo dục Holocaust Illinois, mở cửa vào năm 2009, ông đã lãnh đạo thành công chiến dịch gọi vốn và lên kế hoạch xây dựng một tổ chức quốc tế ở Trung Tây chuyên giảng dạy các bài học về diệt chủng Holocaust và các vụ diệt chủng khác.[62] Ông là nhà tài trợ chính của Cambodia Tribunal Monitor, nguồn trực tuyến quan trọng nhất cho các tin tức và bình luận liên quan đến Tòa án Hình sự Quốc tế (ICC) được tạo ra để phán quyết phong trào Pol Pot thực hiện hành vi diệt chủng trong lịch sử. Ông từng là Chủ tịch Ủy ban Nhân quyền Illinois, được kế nhiệm bởi cựu cố vấn Nhà Trắng và Thẩm phán Liên bang Abner J. Mikva.[63] Năm 2013, ông nhận được Giải thưởng Survivors' Legacy Award vì sự lãnh đạo của ông trong việc thành lập Bảo tàng và Trung tâm Giáo dục Holocaust Illinois.[64] Ông đã nhận được Giải thưởng Spirit of Erikson Institute Award của Viện Erikson vì đã đóng góp cho trẻ em.[65]

Năm 2007, ông và vợ đã quyên góp 5,0 triệu USD đến Đại học Nam Dakota để xây dựng Trung tâm Đại học Theodore R. và Karen K. Muenster để tưởng nhớ cha mẹ vợ ông.[66] Vào ngày 22 tháng 10 năm 2015, Trường Luật Đại học Northwestern thông báo rằng hai vợ chồng J. B. Prizker đã đóng góp 100 triệu USD cho trường để vinh danh ông cố của gia tộc, Nicholas J. Pritzker. Ngôi trường 156 tuổi được đặt tên là Trường Luật Northwestern Pritzker.[67]